2026 장기보유특별공제 개편 총정리｜10년 보유해도 공제 0%?

장기보유특별공제 개편으로 앞으로 주택을 오래 보유하기만 해서는 지금과 같은 양도소득세 공제혜택을 받기 어려워질 수 있습니다.

2026년 정부가 발표한 세제개편안에는 주택에 대한 장기보유특별공제를 ‘보유’ 중심에서 ‘실제 거주’ 중심으로 전환하는 내용이 포함됐기 때문입니다.

현재 1세대 1주택자는 일정 요건을 충족하면 보유기간 연 4%, 거주기간 연 4%를 적용해 최대 80%의 장기보유특별공제를 받을 수 있습니다.

하지만 세제개편안이 예정대로 시행되면 2028년에는 보유공제가 연 2%로 축소되고 거주공제가 연 6%로 확대됩니다.

그리고 2029년부터는 1세대 1주택자의 보유기간에 따른 공제가 사라지고 거주기간에 따라 연 8%, 최대 80%를 공제하는 방식으로 전환될 예정입니다.

즉 앞으로는

“집을 얼마나 오래 가지고 있었는가?”

보다

“그 집에서 얼마나 오래 실제로 살았는가?”

가 양도소득세를 결정하는 훨씬 중요한 기준이 될 수 있습니다.

이번 글에서는 장기보유특별공제 개편, 2026년 현행 제도와 세제개편안 차이, 2027·2028·2029년 공제율, 1세대 1주택과 다주택자의 변화, 공제한도 신설까지 한 번에 비교해보겠습니다.

주의: 이하 개편 내용은 2026년 8월 정부가 발표한 세제개편안 기준입니다. 국회 심의 및 입법 과정에서 변경될 수 있습니다.

장기보유특별공제 개편, 무엇이 가장 크게 바뀔까?

이번 세제개편의 방향을 한 문장으로 정리하면 ‘장기보유’보다 ‘장기거주’를 우대하겠다는 것입니다.

현행 1세대 1주택 장기보유특별공제는 일정 요건을 충족할 경우 보유기간과 거주기간을 각각 계산합니다.

현재는

보유기간 1년당 4% + 거주기간 1년당 4%

방식입니다.

각각 최대 40%까지 적용할 수 있기 때문에 10년 이상 보유하면서 10년 이상 거주하면

보유 40% + 거주 40% = 최대 80%

의 공제가 가능합니다.

그러나 정부는 이번 세제개편안을 통해 주택 관련 공제를 단계적으로 거주기간 중심으로 재편하기로 했습니다.

가장 큰 변화는 다음과 같습니다.

구분	2026 현행	2027년	2028년	2029년 이후
1주택 보유공제	연 4%	연 4%	연 2%	폐지
1주택 거주공제	연 4%	연 4%	연 6%	연 8%
최대 공제율	80%	80%	80%	80%
공제한도	없음	없음	20억원	10억원

따라서 최대 공제율 자체는 여전히 **80%**입니다.

하지만 80%를 만드는 방법이 완전히 달라지는 것이 이번 개편의 핵심입니다.

현재 장기보유특별공제는 어떻게 계산할까?

먼저 현재 제도를 알아야 개편안의 영향을 이해할 수 있습니다.

2026년 현행 제도에서 일정한 요건을 충족하는 1세대 1주택자는 보유기간과 거주기간을 각각 계산합니다.

예를 들어 10년 이상 보유하고 10년 이상 거주했다면

보유공제 40% + 거주공제 40% = 80%

까지 적용할 수 있습니다.

반면 10년을 보유했지만 실제 거주기간이 2년이라면 단순하게 80%를 적용하는 것이 아닙니다.

보유기간과 거주기간을 각각 계산하기 때문입니다.

이 구조는 2021년부터 적용되어 왔으며, 1세대 1주택 장기보유특별공제는 보유기간뿐 아니라 거주기간도 함께 고려하는 방식입니다.

그런데 이번 개편안은 여기서 한 단계 더 나아가 보유기간 자체에 주어지는 혜택을 단계적으로 없애겠다는 것입니다.

2027년 장기보유특별공제는 크게 달라지지 않는다

이번 세제개편안이 발표됐다고 해서 2027년부터 바로 보유공제가 없어지는 것은 아닙니다.

정부는 급격한 세부담 증가를 막기 위해 단계적으로 제도를 변경하기로 했습니다.

2027년 1세대 1주택자는 기본적으로 현재와 같은

보유 연 4% + 거주 연 4%

구조가 유지됩니다.

10년 기준으로 각각 최대 40%, 합계 최대 80%입니다.

따라서 2027년은 사실상 현행 제도를 유지하는 유예기간이라고 이해하면 쉽습니다.

2028년부터 보유공제가 절반으로 줄어든다

본격적인 변화는 2028년부터 시작됩니다.

1세대 1주택자의 공제율이

보유 연 4% → 연 2%

로 절반으로 줄어듭니다.

반대로 거주공제는

거주 연 4% → 연 6%

로 확대됩니다.

따라서 10년을 기준으로 보면

보유 최대 20% + 거주 최대 60% = 최대 80%

가 됩니다.

최대 공제율 80%만 보면 현재와 똑같아 보입니다.

하지만 실제로는 상당히 큰 차이가 있습니다.

오랫동안 실제 거주한 사람은 여전히 높은 공제를 받을 수 있지만, 집을 오래 가지고 있으면서 다른 곳에서 거주했던 사람은 공제율이 크게 떨어질 수 있기 때문입니다.

2029년부터 보유공제가 사라진다

이번 장기보유특별공제 개편에서 가장 중요한 부분입니다.

정부안대로 시행된다면 2029년부터 1세대 1주택자의 보유기간에 따른 공제가 폐지됩니다.

대신 실제 거주기간에 대해

1년당 8%, 최대 10년간 80%

를 적용하는 구조가 됩니다.

즉,

현행

보유 4% + 거주 4%

에서

2029년 이후

거주 8%

로 바뀌는 것입니다.

이 때문에 제도의 실질적인 성격도 장기보유 우대에서 장기거주 우대로 크게 이동합니다.

10년 보유하고 2년 거주했다면 얼마나 달라질까?

이번 개편의 영향을 이해하기 가장 쉬운 사례입니다.

1세대 1주택자가 주택을 10년 보유하고 2년 거주했다고 단순하게 가정해보겠습니다.

세부 적용요건 등을 제외하고 공제율 구조만 비교하면 다음과 같습니다.

현행 구조

보유기간 10년:

4% × 10년 = 40%

거주기간 2년:

4% × 2년 = 8%

따라서 단순 합산하면 **48%**입니다.

2028년 개편안

보유기간:

2% × 10년 = 20%

거주기간:

6% × 2년 = 12%

합계 **32%**가 됩니다.

2029년 이후 개편안

보유공제는 없어지고 거주기간만 계산합니다.

8% × 2년 = 16%

즉 동일한 사람이더라도 단순 공제율 구조만 비교하면

48% → 32% → 16%

로 크게 낮아질 수 있습니다.

이번 개편이 장기간 집을 보유했지만 실제 거주기간이 짧은 사람에게 큰 영향을 미칠 수 있는 이유입니다.

10년 보유·10년 거주했다면 어떻게 될까?

반대로 오랫동안 직접 거주했다면 상황이 다릅니다.

10년 이상 보유하면서 10년 이상 실제 거주했다고 가정하면

현행

보유 40% + 거주 40% = 80%

2028년

보유 20% + 거주 60% = 80%

2029년 이후

거주 80% = 80%

입니다.

즉 최대 공제율만 놓고 보면 모두 80%로 동일합니다.

따라서 이번 개편은 장기간 실제 거주한 1세대 1주택자의 최대 공제율을 줄이는 것이 핵심이라기보다 거주하지 않고 보유만 한 주택에 주어지는 공제혜택을 줄이는 것에 가깝습니다.

장기보유특별공제에 처음으로 공제한도도 생긴다

공제율 변화만큼 중요한 것이 하나 더 있습니다.

바로 공제금액 한도 신설입니다.

현재 장기보유특별공제에는 별도의 금액 한도가 없습니다.

하지만 정부 개편안에서는

2028년 → 공제한도 20억원

2029년 이후 → 공제한도 10억원

을 적용하는 방안이 포함됐습니다.

따라서 고가주택에서 큰 양도차익이 발생한 경우에는 거주기간이 길어 공제율이 높더라도 실제 공제받을 수 있는 금액 자체가 제한될 수 있습니다.

이 부분은 일반적인 주택보다 양도차익이 큰 고가주택 보유자에게 훨씬 중요한 변화입니다.

최대 80%인데 공제한도 10억원은 무슨 뜻일까?

공제율과 공제금액 한도는 다른 개념입니다.

예를 들어 장기거주 요건을 충족하여 계산상 장기거주 공제금액이 15억원이 나왔다고 가정해보겠습니다.

현행 제도에는 별도의 공제금액 한도가 없지만 정부안대로 2029년 이후 10억원의 한도가 적용된다면 실제 공제금액은 10억원까지만 인정되는 구조가 될 수 있습니다.

따라서 고가주택에서는 앞으로

공제율이 몇 %인가

뿐만 아니라

공제금액이 한도를 넘는가

까지 확인해야 할 가능성이 생깁니다.

다주택자 장기보유특별공제도 바뀐다

이번 개편은 1세대 1주택자에게만 적용되는 내용이 아닙니다.

비조정대상지역 다주택자의 장기보유 관련 공제도 거주 중심으로 전환됩니다.

정부안 기준 변화는 다음과 같습니다.

구분	2027년	2028년	2029년 이후
다주택자 공제	보유 연 2%	보유 연 1% 또는 거주 연 2%	거주 연 2%
기간	최대 15년	최대 15년	최대 15년
최대 공제율	30%	보유 15% / 거주 30%	거주 30%
공제한도	없음	20억원	10억원

따라서 다주택자 역시 장기간 보유했다는 사실만으로 받을 수 있는 공제혜택이 단계적으로 줄어들게 됩니다.

특히 2029년 이후에는 실제 거주 여부가 더욱 중요해집니다.

다만 조정대상지역 다주택자의 경우에는 양도소득세 중과 및 장기보유특별공제 적용 여부 등 별도의 규정까지 함께 고려해야 하므로 단순히 위 표만으로 실제 세액을 계산해서는 안 됩니다.

왜 장기보유특별공제를 이렇게 바꾸는 걸까?

정부가 이번 부동산 세제개편에서 제시한 방향은 실거주 중심의 세제혜택입니다.

즉 주택을 단순히 오랫동안 자산으로 보유했다는 이유만으로 큰 세제혜택을 제공하기보다 실제로 장기간 거주한 주택에 세제혜택을 집중하겠다는 것입니다.

정부의 2026년 세제개편 설명에서도 양도소득세의 주택 ‘보유공제’를 ‘거주공제’로 전환한다고 명시하고 있습니다.

따라서 이번 개편은 단순한 세율조정이라기보다 양도소득세에서 주택을 바라보는 기준 자체를

보유기간 → 실제 거주기간

으로 이동시키는 변화라고 볼 수 있습니다.

장기보유특별공제라는 이름도 바뀔까?

정부 개편안에서는 주택과 조합원입주권에 대한 공제를 장기거주 소득공제 방식으로 재편하는 내용이 포함되어 있습니다.

이는 제도의 성격 변화와도 연결됩니다.

지금까지는 이름 그대로 부동산을 장기간 보유한 것에 대한 공제라는 성격이 강했다면 앞으로 주택의 경우 얼마나 오래 거주했는지가 핵심이 되기 때문입니다.

반면 토지·건물 등은 주택과 동일한 방식으로 모두 거주기간을 적용할 수 없기 때문에 자산 종류에 따라 공제체계가 구분됩니다.

2027년에 집을 팔면 새로운 제도가 적용될까?

정부안 기준으로 2027년에는 1세대 1주택의 공제율이

보유 연 4% + 거주 연 4%

로 현행 구조가 유지됩니다.

공제금액 한도도 없습니다.

따라서 장기보유특별공제 구조가 본격적으로 달라지는 것은 2028년부터라고 볼 수 있습니다.

다만 실제 양도시점에 어떤 법률이 시행되고 있는지는 반드시 다시 확인해야 합니다.

현재 발표된 내용은 정부 세제개편안이므로 국회 입법과정에서 적용시기나 세부내용이 변경될 가능성이 있기 때문입니다.

2028년에 집을 팔면 무엇이 달라질까?

2028년은 과도기입니다.

1세대 1주택 기준으로

보유 연 2% + 거주 연 6%

구조가 적용될 예정이고 최대 공제율은 80%입니다.

여기에 공제금액 20억원 한도가 신설될 예정입니다.

따라서 2028년에 양도를 계획한다면 최소한 다음 세 가지를 확인해야 합니다.

보유기간 / 실제 거주기간 / 예상 장기보유·거주 공제금액

특히 보유기간은 길지만 거주기간이 짧다면 현행 제도보다 공제율이 크게 낮아질 수 있습니다.

2029년 이후가 진짜 큰 변화다

이번 개편에서 가장 중요한 시점은 2029년입니다.

1세대 1주택의 보유공제가 사라지고

거주기간 × 연 8%

만으로 공제율을 계산하게 됩니다.

10년 거주하면 최대 80%입니다.

그리고 공제금액 한도도 2028년 20억원에서 10억원으로 축소될 예정입니다.

따라서 장기간 실제 거주한 일반적인 1주택자보다 오랫동안 보유했지만 실제 거주하지 않은 주택이나 양도차익이 매우 큰 고가주택에서 변화의 영향이 더 클 수 있습니다.

장기보유특별공제 개편 전후 한눈에 비교

이번 개편을 가장 간단하게 정리하면 다음과 같습니다.

항목	현행	2028년	2029년 이후
정책 방향	보유+거주	거주 비중 확대	거주 중심
1주택 보유	연 4%	연 2%	0%
1주택 거주	연 4%	연 6%	연 8%
최대 공제	80%	80%	80%
공제한도	없음	20억원	10억원
10년 보유·10년 거주	80%	80%	80%
10년 보유·2년 거주*	48%	32%	16%

* 단순 공제율 구조 비교를 위한 예시이며 실제 장기보유특별공제 적용 여부 및 양도세는 1세대 1주택 요건, 양도가액, 취득·양도시점 등 구체적인 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

이 표 하나만 기억해도 이번 개편의 방향을 대부분 이해할 수 있습니다.

장기보유특별공제 개편에서 가장 영향을 많이 받는 사람은?

이번 세제개편안이 그대로 확정된다는 전제에서 상대적으로 영향을 크게 받을 가능성이 있는 사람은 보유기간에 비해 실제 거주기간이 짧은 주택 소유자입니다.

예를 들어 투자 또는 임대 목적으로 주택을 장기간 보유했지만 실제 거주는 거의 하지 않은 경우가 대표적입니다.

반대로 1세대 1주택을 장기간 보유하면서 실제로 10년 이상 거주한 경우에는 최대 공제율 80% 자체는 유지됩니다.

다만 양도차익이 큰 고가주택은 별개의 문제가 있습니다.

2028년부터 공제금액 한도가 도입되기 때문에 실제 거주기간이 길더라도 공제한도에 의해 혜택이 제한될 가능성이 있습니다.

따라서 이번 개편의 영향을 크게 받을 가능성이 있는 유형을 정리하면

① 장기보유·단기거주 1주택자
② 실제 거주하지 않은 주택 보유자
③ 비조정대상지역 다주택자
④ 양도차익이 큰 고가주택 보유자

등이라고 볼 수 있습니다.

장기보유특별공제 개편 FAQ

+ 2029년부터 장기보유특별공제가 없어지나요?

모든 장기보유 관련 공제가 없어지는 것은 아닙니다. 정부안 기준으로 주택은 보유기간 중심의 공제에서 거주기간 중심의 공제로 전환됩니다. 1세대 1주택자는 2029년부터 거주기간 1년당 8%, 최대 80%의 공제를 적용하는 방안입니다.

+ 10년 동안 집을 가지고만 있으면 40% 공제를 받을 수 있나요?

현행 1세대 1주택 공제구조에서는 보유기간에 따른 공제가 존재하지만 정부안이 예정대로 시행되면 2029년부터 1세대 1주택의 보유기간 공제가 폐지됩니다. 따라서 단순히 10년 보유했다는 이유만으로 현재와 같은 보유공제를 받을 수 없게 됩니다.

+ 10년 보유하고 10년 거주하면 공제가 줄어드나요?

최대 공제율만 보면 80%가 유지됩니다. 현행은 보유 40%+거주 40%, 2029년 이후 개편안은 거주 80%라는 차이가 있습니다.

+ 2028년에는 어떻게 계산하나요?

정부안 기준 1세대 1주택은 보유기간 연 2% + 거주기간 연 6%, 최대 80%입니다. 또한 공제금액에 20억원 한도가 도입될 예정입니다.

+ 2029년에는 공제한도가 얼마인가요?

정부안 기준 10억원입니다. 따라서 계산된 공제율이 높더라도 공제금액 자체가 한도의 영향을 받을 수 있습니다.

+ 이번 내용은 이미 확정된 법인가요?

아닙니다. 2026년 8월 정부가 발표한 세제개편안입니다. 국회 심의와 법률 개정 절차를 거쳐야 하므로 최종 입법 과정에서 내용이나 시행시기가 변경될 수 있습니다.

2026 장기보유특별공제 개편 핵심 정리

이번 장기보유특별공제 개편의 핵심은 최대 공제율 80%가 없어지는 것이 아닙니다.

진짜 중요한 변화는 80%를 받을 수 있는 기준이 ‘보유+거주’에서 사실상 ‘거주’ 중심으로 바뀐다는 것입니다.

정부안 기준 1세대 1주택자는

2027년 : 보유 4% + 거주 4%
2028년 : 보유 2% + 거주 6%
2029년 이후 : 거주 8%

방식으로 단계적으로 변경될 예정입니다. 최대 공제율은 80%로 유지됩니다.

따라서 10년 이상 실제 거주한 1세대 1주택자는 최대 공제율 측면에서는 큰 변화가 없지만, 10년을 보유했더라도 실제 거주기간이 짧다면 공제혜택이 크게 줄어들 수 있습니다.

여기에 현재는 없는 공제금액 한도가 신설되어 정부안 기준으로 2028년 20억원, 2029년 이후 10억원으로 제한될 예정이어서 양도차익이 큰 고가주택에도 영향이 예상됩니다.

결국 앞으로 주택 양도소득세에서 중요해지는 것은 단순한 ‘보유기간’이 아니라 ‘실제 거주기간’입니다.

다만 현재 발표된 내용은 어디까지나 2026년 정부 세제개편안입니다. 실제 주택 매도 여부를 결정할 때는 최종 국회 통과 내용과 시행일을 반드시 다시 확인해야 합니다.

참고자료

• 2026년 정부 세제개편안
• 정부 2026 세제개편안 부동산 세제 설명자료
• 「소득세법」 제95조(양도소득금액)
• 국회예산정책처 「2026 대한민국 조세」